Comandos mais básicos e muito usados

Privilégios do usuário

sudo - Permite executar programas c/ privilégios de outro usuário - por padrão, como o root). sudo significa "substitute user do" (usuário substituto faça)

Vídeo sobre su, sudo e sudoers. Nesse vídeo eu detalho mais sobre o comando su, sudo e o arquivo sudoers:

pwd - print working directory (mostra o caminho do diretório atual)
ls - lista tudo no diretório atual
- -a - inclui entradas que o nome começa com ponto (arquivos ou diretórios ocultos)
- -l - lista em formato longo
- -h - com -l, é um sufixo de tamanho para facilitar a leitura
- -@ - mostra atributos estendidos

Mais comandos:

cd - change directory
- . - diretório atual
- .. - diretório acima
- / - o diretório root ou a separação de diretórios
- ~ - home (cd sem nada vai para a home)
- - menos - volta para o diretório que anterior
tree - mostra a árvore do diretório atual
- -d - diretórios
- -a - mostra arquivos ocultos
cat - concatena e/ou mostra o conteúdo de um arquivo
- -n - enumera as linhas
tail - lista as últimas linhas do arquivo
- -NÚMERO - mostra a quantidade de linhas que for adicionado em NÚMERO.
- -f - continua assistindo o arquivo em busca de novos dados.
wc - conta linhas, palavras e caracteres
- -l - linhas
- -m - caracteres
- -w - palavras

cp - copia arquivos ou diretórios
- -R - copia o diretório em modo recursivo
  Obs.: Segundo o man (manual) do cp, se tiver uma barra (/) no final do diretório original, cp pode copiar apenas o conteúdo do diretório e não o diretório em si (eu não vi isso ocorrer em testes).
mv - move arquivos ou diretórios (com mv você pode renomear arquivos ou diretórios)
mkdir - cria um diretório (use aspas ou barra invertida para separar caracteres inválidos)
- -p - cria uma estrutura inteira sem gerar erros
  Obs.: você pode usar chaves para criar múltiplos sub-diretórios.
rm - apaga arquivos e diretórios
- -R - modo recursivo para diretórios
- -f - modo forçado e silencioso
touch - muda os tempos de acesso e modificação de um arquivo. Grande parte dos casos, usamos este comando para criar um arquivo vazio.

; - permite executar vários comandos na mesma linha. Roda todos os comandos, mesmo se ocorrer algum erro.
&& - permite executar vários comandos na mesma linha. Se o comando anterior não gerar nenhum erro, continua a corrente de comandos, do contrário, para no momento que ocorrer um erro.
|| - permite executar vários comandos na mesma linha. Ele funciona de maneira oposta ao anterior, ou seja, se ocorrer algum erro no comando anterior, executa o próximo comando, do contrário, para no primeiro comando que NÃO gerar um erro.
| - Joga a saída (output) de um comando para a entrada (input) de outro.
> - Joga a saída de um comando e redireciona para um arquivo. Apaga o arquivo todo e substitui seu conteúdo.
>> - Joga a saída de um comando e redireciona para um arquivo. Não apaga o que estiver no arquivo, apenas adiciona o novo conteúdo na última linha.
& - Joga para o background. Veja jobs e fg para complementar